حضرت آیت الله حاج آقا مصطفی خمینی یکی از معدود آقازاده هایی بود که هم مدارج معنوی و اخلاقی، (تزکیه و تهذیب نفس و سیر و سلوک) و هم مدارج علمی را پشت سر گذاشته بود و بی تردید یکی از مفاخر بزرگ عالم اسلام به شمار می رفت. لذا ضروری است دیدگاه حوزه های نجف و قم و شخصیت ها، نسبت به ایشان تبیین گردد.