امام خمینی طی سالهای طولانی به تدریس در حوزۀ علمیه قم پرداختند. شاگردان امام در حوزۀ علمیه قم به 1200 نفر هم رسیده بود که در میان آنان ده ها تن از مجتهدین مسلّم و شناخته شده حاضر بودند و از مکتب فقه و اصول امام خمینی بهره می بردند.
امام خمینی قریب سیزده سال به تدریس در حوزه علمیه نجف در مسجد شیخ انصاری (ره) پرداختند. پس از اندک زمانی علی رغم کارشکنی های مرتجعین، حوزۀ درسی ایشان به عنوان یکی ازبرجسته ترین حوزه های درسی نجف از لحاظ کیفیت و کمیت شاگردان شناخته شد. ایشان در نجف برای نخستین بار مبانی نظری ولایت فقیه را در چندین جلسه تدریس نمودند.
امام خمینی به رشته های مختلف علاقه مند بودند. اساتید امام خمینی در ریاضیات و هیئت و فلسفه مرحوم حاج سید ابوالحسن رفیعی قزوینی و ادامه همین دروس به اضافه علوم معنوی و عرفانی نزد مرحوم آقا میرزا علی اکبر حکمی یزدی بودند. عروض و قوافی و فلسفه اسلامی و فلسفه غرب را نزد مرحوم آقا شیخ محمدرضا مسجدشاهی اصفهانی و عالی ترین سطوح عرفان نظری و عملی را به مدت شش سال نزد مرحوم آیت الله آقا میرزا محمدعلی شاه آبادی ـ اعلی الله مقاماتهم ـ آموختند و با آیت الله حاج میرزا جواد ملکی تبریزی نیز مأنوس بودند.
آثار علمی امام خمینی شامل ده ها کتاب و اثر گرانبها در مباحث اخلاقی، عرفانی، فقهی، اصولی، فلسفی، سیاسی و اجتماعی است. تألیفات امام خمینی به زبان عربی و فارسی نوشته شده اند. مجموعه درس های ایشان که توسط شاگردانش گردآوری شده اند، تحت عنوان تقریرات امام خمینی و آثار شفاهی و مکتوب سیاسی و اجتماعی ایشان که در مجموعه 22 جلدی صحیفه امام گردآوری شده اند و همچنین مجموعه سروده ها با عنوان دیوان امام نیز از ایشان به یادگار مانده است.