انتشار وسیع کتاب مبتذل آیات شیطانی نوشته سلمان رشدی و حمایت رسمی دولت های غربی از آن سرآغازی بر فصل تهاجم فرهنگی بود. اگر جامعه اسلامی در مقابل توهین های این کتاب به پیامبر عظیم الشأن اسلام از خود مقاومت نشان نمی داد، مبانی دینی و مقدساتی که هویت وحدت بخش امت اسلامی است، را مورد هجوم قرار می داد. امام خمینی با صدور حکم ارتداد و اعدام سلمان رشدی و ناشرین مطلع آن، موجب ایستادگی صفوف مسلمانان صرف نظر از مذاهب و زبان و کشورهایشان، بصورت متحد در برابر این نقشه شوم شد.
در سالهای پایانی عمر امام خمینی چند حادثه اتفاق افتاد که اثر آن بر روح امام سنگینی می کرد. شهادت مظلومانۀ حجاج بیت الله الحرام در کنار خانه خدا در مراسم حج سال 1366، به خاک و خون کشیده شدن زائران خانه خدا به جرم برائت از مشرکین و منفجر ساختن هواپیمای مسافربری ایران بر فراز خلیج فارس به وسیله نیروهای نظامی امریکا، برکناری قائم مقام رهبری از سوی امام خمینی (در تاریخ 8 / 1 / 68) از جمله حوادث ناگوار این دوران بودند.