امام خمینی، با توجه به بینش عرفانی خود، علم غیب و علم لدنی پیامبر را از زاویه مظهریت پیامبر اکرم (ص)، از اسم اعظم حق بررسی کرده است، وی ضمن اعتقاد به داشتن چنین علمی برای پیامبران الهی به طور عام، علم لدنی و علم غیب پیامبران را دارای مراتب متفاوت می¬داند که پیامبر خاتم (ص) در اوج قله وصل به مبدء غیب قرار دارد.
انسان امروزین در پی گم شده ای می گردد تا از دریافتهای باطنی آگاه شده و مدد جوید و چون عرفان، از توجه به وجدانیات حاصل می شود، زین سبب، بشر، تشنۀ عرفان است و عرفان راهی است که بشر باید آن را بپیماید. چرا که تنها این سرچشمۀ گواراست که دلهای مرده را حیاتی دوباره می بخشد و ارواح افسرده را به پرواز در می آورد. حضرت امام خمینی(س) بر پایۀ رابطۀ تنگاتنگ عرفان و دین، زبان عرفان را به زبان ادعیه و قرآن نزدیک می داند.
امام سعادت واقعی را در رها شدن از سیطرۀ عقل مادی گرا، منفعت جویی، خودخواهی و خودبینی فلسفی و رسیدن به مقام خلوص و صفا و پاکی می دانند. به عقیدۀ ایشان حتّی فرقه ها و باورهای عرفانی هم اگر به صورت رسمی و خشک و بی روح درآید و ابزار سوء استفادۀ برخی شود، خود از بُتهایی است که باید از آنها اجتناب کرد.
امام خمینی(س) همواره بر پیوند عمیق و محکم میان عرفان و جهاد و شهادت تأکید می ورزیدند؛ و جهاد و شهادت را از نتایج عرفان واقعی می دانستند. مگر نه اینکه «جهاد»، دری از درهای بهشت است و خداوند آن را به روی بندگان خاص خود می گشاید؟ همین اولیای خدا هستند که این در را می کوبند و از در جهاد به درجۀ رفیع شهادت می رسند و از نعمت بزرگ لقای پروردگار و جوار او بهره مند می گردند.
عرفان امام در متن زندگی او وارد شده بود و در تمام حرکات و سکنات او بازتاب داشت و در تمام خواسته ها و سیاستهای ایشان متبلور بود. حقیقتی بود که در تمام موضع گیریها، اعم از صلح و جنگ، سفر و حضر، خانواده و اجتماع، در مناجاتهای شبانه، زندگی روزانه و پیامهای عادی اش نیز ظهور و بروز پیدا کرد و عرفان چنین انسانی به همراهی فلسفه و جهان بینی او در عرصۀ فکر و نظر به منزلۀ دوبال شدند که به وسیلۀ آنها توانست تا بیکران ملکوت به پرواز درآید.
توجه به اینکه در طول تاریخ کسانی بوده اند که جامع علوم معقول و منقول بوده اند، کمتر کسی همانند امام محدودۀ هر علم را حفظ نموده است، در وادی عرفان با استفاده از زبان عرفان به شرح و بسط مطالب پرداخته و در محدودۀ فقه و اصول با روش فقهی و اصولی به توضیح آن همت گماشته و در حدیث و شرح آن با زبان ویژۀ آن قلم فرسایی کرده است، بدون آنکه محدودۀ این علوم را با هم درآمیزد.
عضو هیأت علمی پژوهشگاه حوزه و دانشگاه به شاخصه های عرفان امام خمینی(س) اشاره کرد و گفت: عرفان امام(س) تلازم میان شریعت، طریقت و حقیقت بود که دستیابی به آن جز با عمل به شریعت امکان پذیر نیست؛ عرفانی که تسلیم محض آموزه های دینی است و تا آخرین لحظه با شریعت همراه است.
بزرگترین مشخصهٔ عرفان متعالی امام این است که آیینهٔ عرفان حسینی است. به نظر ما کشف این نکته کلید راز شناسایی شخصیت و نظام ارزشی رزمندگان و شهیدان انقلاب اسلامی و هنر و ادبیات مقاومت است. باید دانست که امام راحل براساس تاثیر و تاثر میان محب و محبوب، روح و شور عرفان حسینی را به نسل انقلاب دمیده است.
علی(ع) پشتوانه اسلام و سنت رسول الله(ص) بود و تولد امام علی (ع) روزی است که قرآن کریم و سنت رسول الله (ص) مفسر پیدا کرد. در جای دیگر می فرمایند: اگر قرآن نبود، باب معرفت الله الی الابد بسته بود؛ «معرفت الله» یعنی ذات مستجمع الهی، رب انسان کامل، رب پیامبر خاتم (ص)، رب خلق عظیم. پس با تولد علی علیه السلام است که حقایق عالم وجود بر انسان کشف می شود. از این رو امام خمینی می گویند روز تولد این امام همام روز بعثت است، روز ولایت است، روز نبوت است.
می توان گفت مهم ترین و اساسی ترین تفاوت میان سیر و سلوک اهل بیتی و مشروع و یا هر اسم دیگری که بر آن خوانده می شود، با سیر و سلوک های آغشته به بدعت و آلوده به انانیت و چیزهای دیگر، در این است که این چنین نیست که به شما بگوید، یک ذکر را هرچند بار که می خواهید تکرار نمایید، مگر ذکر صلوات و استغفار که بری از إنیت و انانیت هستند. بلکه این سیر و سلوک مبنی بر انهدام همان إنیت و انانیت است؛ چراکه اگر پیش از پرداختن به این موضوع، به اذکار مختلفی چون نور و رحمن و غیره بپردازیم، درواقع همان إنیت و انانیت ماست که این اذکار را مکرراً تکرار نموده و قوت می یابد
اسلام دینِ اعتدال است و هنر انسان در این است که معتدل باشد و این اعتدال در رفتار و گفتار و حرکات فرد باید ظهور کند. کمال این اعتدال، در وجودپیغمبر -صلی الله علیه و آله و سلم- می باشد. چنین انسانی راست قامت است و به زبان برخی از روایات این وجود سایه ندارد .
همه جنبش های عرفانی نوپدید، سکولار هستند؛ یعنی کاری، نفیا واثباتا، به دین ندارند. از همین رو هرگز جاذبه ی عرفان های دینی همچون عرفان اسلامی، عرفان مسیحی و عرفان یهودی را نخواهند داشت؛ چراکه عرفان های دینی، به یک امرفطری فوق العاده قوی، یعنی خدا جویی وخدا پرستی، تمسک می جویند
یحیی بونو در این گفتار به حرکت جوهری ملا صدرا می پردازد و تفاوت آن با سایر نظراتی که وجود دارد. این بحث بسیار مهم است چرا که به حقیقت وجود انسان و نسبت آن با نفس و بدن مربوط می شود. ملاصدرا به دلیلی که بونو می گوید متوجه نکته ای می شود که گذشتگان از عرفا به آن توجه نداشتند.
آن چنان که گفته اند، عرفان اسلامی دو رکن رکین دارد؛ اول مسئله توحید که ذیل مباحث وحدت شخصی وحود سامان می یاید و دیگر موحد، که مسئله انسان کامل، راوی آن است. ویلیام چیتیک، عرفان شناس معاصر، معتقد است که اگر چه که از کتاب های محی الدین عربی، می توان وحدت وجود را دریافت اما این واژه در هیچ کدام از آثار وی به کار نرفته است. به اعتقاد وی، مسئله اصلی ابن عربی انسان کامل است.
در منطق امام خمینی قرآن برای قصه گویی و بیان وقایع تاریخی نیامده است. قرآن کتاب انسان سازی است و نظر کردن به آن بدون عمل فایده ای ندارد.