مهم ترین ویژگی عرفانی انسان که در دید ملاصدرا و امام خمینی برجستگی خاصی دارد، همان ابعاد انسان کامل است. نگرش این دو به انسان کامل، عمیقاً در تعالیم اسلامی، به خصوص شیعة امامیه و در فلسفة امامت، هم از بعد سیاسی و هم عرفانی و نیز عرفان ابن عربی ریشه دارد.
مقام جسمانیت و صورت ظاهرۀ انسان در عالم آخرت و نشئۀ ماورای طبیعت تابع صورت روحانیه و مقام نفس است و قوای غیبیّه و باطنیّۀ نفس (عاقله، واهمه، غضبیه و شهویّه) سرچشمۀ تمام ملکات حسنه و سیّئه و منشأ تمام صور غیبیّۀ ملکوتیه اند. پس برحسب غلبۀ هر یک از این قوا بر مملکت بدن، صورت اخروی مناسب آن تعیّن یابد چنانچه انسان اگر خلق باطن و ملکۀ سریره اش انسانی باشد، صورت ملکوتی او نیز صورت انسانی است. ولی اگر ملکاتش غیر ملکات انسانی باشد، صورتش انسانی نیست بلکه تابع آن سریره است.
قرآن از لایه های متعدد معنایی برخوردار است و گذار از لایه های بیرونی، لازمۀ وقوف بر معانی درونی است؛ که البته جز خدا و راسخان در علم، آن را نمی دانند و جز پاک شدگان از رِجس و پلیدی، آن را در نمی یابند و هر کس که پاکی و بی آلایشی او فزون تر باشد، تجلّی قرآن بر وی بیش تر می باشد
مردان خدا، سیاست را وسیله برقراری عدالت و گرفتن حق مظلوم می دانند.
سید حیدر آملی در کتاب نقد النقود خویش تفاوت آراء متفکران در باب مخلوق اوّل را به خوبی بیان کرده است. البته وی بیان حکما را درباره مخلوق نخستین، کامل و درست نمی داند و خود وجود عام و منبسط (فیض مقدس) را صادر نخستین می داند(سید حیدر آملی، ساحت ربوبی (شرح رساله نقد النقود فی معرفة الوجود)، ص 129.) او نام های مختلفی را که متفکرین بنا به اعتبارات مختلف به این حقیقت اوّل داده اند چنین ذکر می کند: عقل اوّل، نفس اوّل، حضرت واحدیّت، حضرت الوهیّت، انسان کبیر، آدم، جبرئیل، روح القدس، امام مبین، مسجد الاقصی, روح اعظم، نور حقیقت حقایق، هیولی، جوهر، هباء، عرش، خلیفة الله، معلّم اوّل، برزخ جامع، مفیض مراة حق، قلم اعلی، مرکز دایره و نقطه(همان، ص 130). او همه این اسامی را بنا به اعتبارات مختلف صحیح می داند و برای هر یک توجیهی ذکر می نماید
امام هر شب در هر حالی که باشند نماز شب میخوانند و هنگامی که برای نماز شب از خواب برمیخیزند، اینقدر آرام و آهسته قدم برمیدارند که هیچکس از خواب بیدار نشود و به ندرت اتفاق میافتد که از حرکت امام در دل شب، کسی بیدار شود.
به اعتقاد امام خمینی انسان می تواند در یک نماز حقیقی قلبش را جلوه گاه تجلّیات ربّانی کند: «تکبیرات افتتاحیه برای شهود تجلیّات است از ظاهر به باطن و از تجلیّات افعالی تا تجلّیات ذاتی ... و تکبیرات اختتامیه برای تجلیّات از باطن به ظاهر و از تجلیّات ذاتیه تا تجلیّات افعالیه است.»
دز آثار و مکتوبات امام خمینی(س) چنین برمی آید که وی معتقد به به وحدت شخصی وجود (وحدت تجلّی و وحدت سعی) است. به اعتقاد وی حقیقت وجود الف) سرچشمه همه کمالات و خیرات است و جز وجود او وجود دیگری قابل تصور نیست. ( شرح چهل حدیث،، ص 607) ب) بسیط من جمیع الجهات است و ترکیب در آن به هیچ وجه راه ندارد. (همان). ج) کامل من جمیع الجهات و دارای همه اسماء و صفات است. (همان ص 608) د) صرف وجود است و غیر وجود در او راه ندارد چرا که در این صورت «شر تراکیب که عبارت از ترکیب از وجود و عدم است در او راه داشت»
امام خمینی(س) در اندیشه انسان شناسی خود، مطابق انسان شناسی قرآنی به صورت جامع نگرانه به ابعاد مختلف انسان و مباحث گوناگون انسان شناسی طبیعی، فلسفی، شهودی و ارزشی پرداخته است.
این عمل امام بسیار ظریف است و نیز مطلب بسیار مهمی است؛ چرا که ممکن است فرد آنقدر دچار گرفتاری شود که حالت نفس خویش را در مکاشفه ببیند و بدین جهت در این راه خطرهایی است که بدون استاد نمی توان جلو رفت و بیان این مطلب بسیار فنی و دقیق است
با دقت در برخی آیات، روایات و دیدگاه اخلاقی حضرت امام خمینی پیرامون تفکر روشن می شود که تفکر از مهره های اصلی در مهار نفس و تسلط بر شیطان درون و برون و شاه کلید درهای بستة علوم و معارفی است که دستیابی به آنان تغییردهنده و تحول آفرین شیوة زندگی انسان ها است.
در میان پیامبران بزرگ، در فرجام نبوت، پیامبر اسلام، با رسایی و شفافیت از جایگاه انسان سخن گفته است؛ ظرفیت های وجودی او را نشان داده و حقوق انسانی او را یادآور شده و از او دفاع کرده است؛ کتاب آسمانی وی نیز قرآن کریم است. برای مسلمانان جای بسی افتخار است که اگر اُمانیسم با داعیه ای محدود از انسان گرایی در سده های اخیر، در غرب سربرآورد و شعار اصالت انسان را سر داد، چهارده قرن پیش، شخصیتی در جزیرة العرب و در بطن توحش جاهلی، جنگ و خون ریزی، ستم و نادانی و تحقیر انسانیت، از کرامت وجودی او سخن گفت و او را به ارزش هایی والاتر از آنچه خود می شناخت و در نهاد او نهفته بود، فراخواند و راه های رسیدن به کمال و آرمان های سعادت آفرین را نشان داد.
امام خمینی(س) نمونه کامل و مصداق بارز این سخن شریف امام صادق(ع) است که: «کونوا دعاة الناس بغیر ألسنتکم...»؛ ایشان در زندگی فردی، اجتماعی، سیاسی و حکومتی خویش چنان زیست که گفته اش بر کرده اش پیشی نگیرد. همچنان که اجداد طاهرینش که رهبران مطلق بشریت می باشند چنین بودند.
ویژگی خاص گفتار امام در این باره آن است که شرایط دریدن حجاب علم را هم به تفصیل برای خواننده بیان می کنند. پس شرط دریدن حجاب علم، عنایت خداوند متعال است؛ یعنی حتماً باید الهامی از سوی خداوند به عارف برسد و بدون یاری گرفتن از آن، نمی توان به چنین مرحله ای رسید.
حضرت امام (س) به متون ادعیه و مناجات از حیث منبعی که سرشار از معارف ناب الهی است، افزون بر جنبه های عبادی و لطیف ترین و عمیق ترین ارتباط میان بنده و خالق توجه داده، به جنبه معرفتی آن بسیار تأکید نموده است. ایشان معتقدند آنچه را که در قرآن از معارف به رمز آمده، در ادعیه و مناجات با تفصیل بیشتری ذکر گردیده است. پس باید معارف را از ادعیه معصومین علیهم السلام آموخت، چون طرف خطاب در ادعیه حق سبحانه است.
بسیاری از مفاهیم و مضامینی که در غزلیات امام خمینی(س) دست مایۀ شعر شده اند، پیش تر در شمار معانی و قواعد عرفانی، جایی برای خود یافته اند. بدین رو، دیوان امام(س) یکی از چندین مجموعه های شاعرانه است که صدف وار، گوهر عرفان را در آغوش دارند و آن را در خود، چنان می پرورند که شایستۀ آویختن برگوش حقیقت شود.
تهذیب اخلاق و سیر و سلوک، در اندیشه و سیرۀ امام خمینی(س) جایگاه ویژه ای دارد؛ امام(س) تهذیب نفس و پای بندی به مسائل اخلاقی را پیش درآمد موفقیت در سایر ابعاد زندگی انسان می دانستند و در کنار علم و دانش و سیاست و حکومت داری، بر آن تأکید می نمودند.