امام خمینی برای مراکز تعلیم و تربیت و به ویژه دانشگاه ها اهمیت خاصی قائل بودند. از نظر امام دانشکاه و دانشگاهیان در تبیین مسیر سعادت و یا شقاوت ملت ها نقش اساسی و بارز دارند. چنانچه در فرازی از وصیت نامه سیاسی- الهی خویش می فرمایند: «از امور بسیار با اهمیت و سرنوشت ساز مسئله مراکز تعلیم و تربیت از کودکستان ها تا دانشگاه ها است که به واسطه اهمیت فوق العاده اش تکرار نموده و با اشاره می گذرم. باید ملت غارت شده بدانند که در نیم قرن اخیر آنچه به ایران و اسلام ضربه مهلک زده است قسمت عمده اش از دانشگاه ها بوده است. اگر دانشگاه ها و مراکز تعلیم و تربیتِ دیگر با برنامه های اسلامی و ملی در راه منافع کشور به تعلیم و تهذیب و تربیت کودکان و نوجوانان و جوانان جریان داشتند، هر گز میهن ما در حلقوم انگلستان و پس از آن امریکا و شوروی فرو نمی رفت و هرگز قراردادهای خانه خراب کن بر ملت محروم غارت زده تحمیل نمی شد...»
حساسیت امام نسبت به دانشگاه ها و مراکز تعلیم و تربیت و محتوای آموزشی آن به حدی بود که بلافاصله پس از پیروزی انقلاب به منظور انجام انقلاب فرهنگی و ایجاد تحول محتوایی و معنایی در دانشگاه ها دستور تعطیلی موقت دانشگاه ها را صادر فرمودند.
از نظر امام خمینی علم و دانش «فی نفسه» ارزش نیست. کما اینکه خود ممکن است حجاب باشد.
از نظر ایشان آنچه علم و دانش را ارزشمند می کند علم همراه با تهذیب نفس و تزکیه است. بنابراین از دیدگاه امام خمینی(س) دانشگاه ها و مراکز تعلیم تربیت در صورتی می توانند مراکز انسان سازی باشند که علاوه بر علم و دانش به تهذیب نفس، تربیت اخلاقی و روحی انسان ها بپردازند.
و فقط در این صورت است که جوامع اصلاح شده و بشر سیر سعادت را طی خواهد نمود. از نظر آن حضرت اگر چنین اتفاقی بیافتد منتج به تأمین منافع کشور خواهد شد و دست استعمارگران و سلطه طلبان که معمولاً از طریق مراکز دانشگاهی و دانشگاهیان به دلیل محوریت در تمدن سازی و دارا بودن مهم ترین نقش در توسعه و پیشبرد کشورها، به سوی ملت ها دراز می شود، کوتاه و در این مسیر استقلال و منافع ملی کشورها نیز تأمین خواهد شد.