در قم احساس خطر می کرد . به یاد دارم روزی که آزادش کردند (چون بعد از گرفتن آقا ایشان را هم بازداشت کردند و پس از فرستادم امام به ترکیه از ترس اینکه چه بسا وجود او یک خمینی دیگر باشد او را هم به ترکیه تبعید کردند) که بیاید با مادر و خانواده خداحافظی کند . مادرم در کمال ناراحتی و گریه از ایشان می خواستند که نرود . می گفتند پدرت خودت شروع کرد آمادگی و روحیه تحملش را دارد اما تو جوان هستی ، زن و بچه کوچک داری ، من با زن و بچه تو چه کنم ؟ اما در جواب گفتند شما این جا همه با هم هستید و مراقب زن و بچه من هم هستید اما آقا آن جا تن های تنها است . من باید بروم از ایشان مراقبت کنم . خداحافظی بسیار سخت و سوزناکی بود . همه دور ایشان را گرفته بودیم و هیچ کس نمی دانست که او را کجا می برند که ما بتوانیم او را دوباره ببینیم یا صالاً نخواهیم دید . »
دختر امام (ره) می گوید : « پس از مهاجرت امام به عراق ، مرحوم حاج آقا مصطفی در درس های استاد های طراز اول حوزه نجف شرکت کرده و با اشکالات و با بحث هایی که می کرده توجه همگان را به خود جلب کرده و همه طلاب متوجه شدند که وقتی یک شاگرد این چنین متبحرانه بحث می کند ، دریای مواج علم امام چگونه می تواند مباحث علمی را در خود غرق کند . حوزه علمیه آن مرحوم به عنوان یک شاگرد موجب شناخته شدن مرحوم امام در حوزه نجف و سرازیر شدن طلاب و علمای محترم به درس ایشان بود . »
وی می افزاید : « حقیقت این است که رژیم گمان نمی کرد امام در نجف در کنار دیگر مراجع تقلید نجف بتواند آن چنان چهره درخشانی شود ، در حالی که در همان آغاز درس امام در نجف و حضور برادرمان در درس باعث درخشندگی هرچه بیشتر امام گردید . »
فرزند امام خمینی در خصوص نظر امام در مورد شهید مصطفی خمینی اظهار می دارد : « اما به او خیلی علاقه مند بودند و به او اعتقاد خاصی داشتند . در سال 1345 امام فرمودند : مصطفی از من در هنگامی که به سن او بودم بهتر است . البته روشن است اگر شاگردی با استعداد تحت تربیت استاد خویش پیشی بگیرد باید گفت که امام آشنایی کامل به ابعاد مختلف علمی و اخلاقی ایشان داشتند و البته قدر او را هم می دانستند . »
وی در خصوص واکنش امام به شنیدن خبر شهادت فرزندش می گوید : « هنگام شهادت او امام می دانست چه گوهری را از دست داده و شاید هیچ جمله ای مثل آنکه فرمودند : مصطفی امید آینده اسلام بود . بیانگر ارزش های ایشان نزد امام نباشد . به نظر می رسد چون امام در آستانه یک انقلاب بزرگ بودند لازم بو با استحکام و اقتدار بایستند که ایستادند و در مجالس حاضر شدند تا درس مقاومت را به ملت شهیدپرور ایران که تا همان زمان تعداد زیادی از جوانان خود را در راه اسلام داده بودند ، داده باشند . اما مادرمان نقل کردند که خدا می داند امام چه حالی داشته اند و برای از دست رفتن چنین فرزندی که می توانست یاری توانا برای اسلام باشد ، چقدر گریه کرده اند . اما در پنهان ، امام به طور کلی بسیار عاطفی بودند . من خودم شاهد گریه های امام در مقابل تلویزیون زمانی که شهدا را تشییع می کردند بوده ام . »
زهرا مصطفوی در پاسخ به این سؤال که تاکنون کدام ابعاد شخصیتی شهید حاج آقا مصطفی به خوبی مطرح نشده است ؟ توضیح می دهد : « البته اخیراً کتابهایی به یاد ایشان منتشر شده است که خاطرات دوستان ایشان در آن درج شده ، کتب و نوشته های ایشان هم چاپ شده است ولی همه این ها مربوط به این اواخر است . واقعیت این است که امام مانع از آن بوده که در سالگرد شهادت ایشان سخنی در صدا و سیما یا روزنامه ها ذکر شود زیرا معتقد بودند : در جایی که مردم این همه جوان داده اند و شهید دادند ، درست نیست ما بیاییم از شهید خودمان بگوییم . شما دعا کنید جای او خوب باشد . و از نکات جالب آن است که امام پس از شهادت حاج آقا مصطفی ، همه مستحبات خود را با او نصف کرده بودند . این نشانه علاقه واقعی امام به ایشان است . »
او در تشریح بیشتر ابعاد علمی شخصیت شهید مصطفی خمینی اظهار می دارد : « ایشان تعداد زیادی کتاب و دست نوشته در مباحث گوناگون دارند که هم اکنون در 28 جلد در دسترس ما است و منتشر شده ، مباحث فقهی ، اصول فقه ، تفسیر و فلسفه . »
زهرا مصطفوی ادامه می دهد : « داداش در همان مسجدی که امام فقه تدریس می کردند ، درس اصول فقه می داد و شاید تعداد شاگردان او بیشتر از امام هم بوده است . بسیاری از افراد محترم و علمایی که امروز در کشور حضور دارند و در نجف بوده اند . از شاگردان ایشان هستند . برخی از مراجع معظم تقلید از دوستان هم مباحثه ای ایشان بودند و بعضی از فق های محترم از شاگردان او بودند . یکی از مراجع نجف دربارۀ ایشان گفته است : من هیچ کس را ندیدم که تا این اندازه نسبت به مبانی و نوآوری های خود حضور ذهن داشته باشد که در هیچ موردی از آن عدول نکن و سخنی برخلاف نظرات دیگر خود ابراز نکند . »
او می افزاید : « تفسیر ایشان یک کتاب خاص و ویژه در تفسیر است که سبک خاصی را دنبال می کند . در هر آیه ای به بحث های ادبی (ابعاد مختلف) فقهی ، اصولی ، کلامی ، فلسفی ، اخلاقی و عرفانی می پردازد و سپس با نگاه های مختلف و از ابعاد گوناگون یه تفسیر و معنی کردن آیه مشغول می شود . به همین جهت در پنج جلدی که اخیراً از تفسیر ایشان منتشر شده است فقط سوره حمد و 46 آیه از سوره بقره مطرح شده است . »
دکتر زهرا مصطفوی در پایان می گوید : « امیدوارم قدر و منزلت این شهید بزرگوار و خدماتی که برای علم و جهان اسلام و انقلاب اسلامی انجام داده است هرچه بیشتر مورد توجه و عنایت واقع شده و روحش با روح پاک حضرت امام با ائمه اطهار و پیامبراکرم (ص) همراه باشد . »
مجلات دوست نوجوانانمجله نوجوان 91صفحه 31