با آغاز جنگ تحمیلی عراق علیه ایران و حمله بی رحمانه این کشور به شهرها و روستاهای مرزی در شهریور 1359، عرصه دیگری از فعالیت های شریف قنوتی آغاز شد. او که در آغازین روزهای جنگ در بروجرد در سمت نماینده دادگاه انقلاب اسلامی مشغول فعالیت بود، با شنیدن اخبار جنگ و به خاک و خون کشیده شدن و آواره گشتن هزاران نفر از هموطنان در شهرها و روستاهای جنوبی در اولین اقدام ستادی را با نام «ستاد کمک رسانی به جنگ» در بروجرد تأسیس کرد و مدت کوتاهی بعد ستاد دیگری به نام «ستاد امداد به جنگزدگان تأسیس نمود و خود مسئولیت هر دو ستاد را بر عهده گرفت و به سرعت فعالیت هایش را آغاز کرد. البته او این اقدامات را با حمایت دادسرای
انقلاب بروجرد انجام داد. در حکمی که از سوی دادسرای انقلاب اسلامی بروجرد به شریف قنوتی داده شده چنین آمده است: «بسمه تعالی. جمهوری اسلامی ایران. دادسرای انقلاب اسلامی بروجرد. جناب آقای شریف دام مجده و جناب آقای زهره ای زید توفیقه العالی. از طرف اینجانب جناب ایشان برای جمع آوری ارزاق برای برادران مبارز در جبهه مجاز می باشند خداوند به ایشان جزای خیر عنایت فرماید. دادسرای انقلاب اسلامی بروجرد. کلهر..3 / 7 / 59. در پایان حکم مزبور مسئولیت دیگری نیز به عهده شریف قنوتی گذاشته شده است: «و ضمناً جنابان فوق اجازه شناسایی افرادی که من حیث المجموع صلاحیت دفاع از حریم مقدس اسلام و وطن را داشته باشند نموده و ضمن ثبت نام آنان سریعاً به اینجانب گزارش فرمایند. با تشکر کلهر. 3 / 7 / 59.»
گفتنی است تشکیل این ستادها با همکاری کلهر رئیس دادگاه انقلاب بروجرد، حسن زهره ای، عزیز مرادی و عده ای دیگر از برادران بروجردی بود.