کمبود مواد غذایی و امکانات در خرمشهر و نیز احتیاج به نیروی انسانی در نقاط مختلف درگیری، شیخ را بر آن داشت هر چه سریعتر خود را به بروجرد برساند و پس از جمع آوری کمک های مردمی با عده ای از نیروهای داوطلب مردمی دوباره به میدان نبرد بازگردد. در بروجرد به جمع آوری کمک های مردمی پرداخت. سپاه پاسداران انقلاب اسلامی نیز جمع زیادی از جوانان مشتاق را به همراه نیروهای سپاه در اختیار شیخ قرار داد تا همراه او به جبهه های خرمشهر اعزام شوند. همه چیز برای
اعزام دوباره شیخ به جبهه آماده بود. شیخ پیش از حرکت به درِ خانه اش رفت و با همسرش خداحافظی کرد. این آخرین دیدار بود. همسر شیخ آخرین دیدارشان را اینگونه شرح می دهد: «اواسط مهر ماه بود که شریف قنوتی مجدداً برای بردن نیرو و آذوقه از خرمشهر به بروجرد آمده بود. وقتی که ایشان را دیدار کردیم دیدیم که رنگش از گرد و غبار و دود خرمشهر و آبادان سیاه شده بود. ایشان از بس برای تشویق رزمندگان فریاد زده بود لب هایش خشک شده و ترکیده بود، صدایش گرفته و به طور کلی عوض شده بود. آقا شب را در منزل خوابید و صبح زود به مسجد امام رفت. سپس کمک های مردمی را جمع آوری نموده و مجدداً با تعدادی از برادران سپاه بروجرد عازم خرمشهر شد. او قبل از عزیمت برای آخرین خداحافظی به درِ منزل آمد. وقتی خواست برود. گفتم آقا بچه ها را چه کردی؟ ـ آقا بچه هایش را با خودش به جبهه برده بود ـ گفت بچه ها در خرمشهر هستند. من می دانستم که آنها را برای جنگ برده است و برای دلخوشی من این حرفها را می زند.
گفتم که شما خودت می روی، بچه ها را هم که برده ای. ما را به کی می سپاری؟ من که جز شما کسی را ندارم. آقا گفت شما بالاتر و بزرگتر از همه خدا را دارید. خدابه جای همه کس است. او با این حرفها از ما خداحافظی کرد و رفت.»