در ابتدای ورود متفقین به ایران، مرحوم آیت الله کاشانی را با هفتاد نفر دیگر از شخصیت های سیاسی به اتهام این که در پشت جبهه حامی آلمان بودند، بازداشت کردند. آیت الله کاشانی در طول دورانی که انگلیسی ها در ایران بودند در اراک، قزوین و... در بازداشت و تبعید به سر می‌برد.
در همان دوره شخصی آلمانی به نام مایر بود که می‌گفتند جاسوس است. تشکیلاتی به وجود آورده بود که در ایران علیه انگلستان، تخریب، خرابکاری و شناسایی و... بکنند. قبل از سال 1320، یعنی ابتدای جنگ، دو سال قبل از این واقعه [دستگیری آیت الله کاشانی] انگلیسی ها هم زمینه سازی می‌کردند که وقتی به ایران آمدند اشخاصی چون آیت الله کاشانی را که به طرفداری از آلمان متهم بودند، بازداشت کنند.
کتابامام خمینی و هیات های دینی مبارزصفحه 34