از سال 50 وضعیت زندانهای عمومی، انفرادی و نحوه بازجوییها تغییر کرد. به نحوی که کمتر کسی بود که بعد از دستگیری شکنجه نشود، سوار آپولو نشود یا مورد آزار جسمی و روحی قرار نگیرد.
به دلیل وجود دشمن مشترک (رژیم پهلوی) برخورد با گروههای چپی به حداقل رسید. هر روز یک شخصی به عنوان شهردار، ظروف غذا را میشست، غذا میکشید، سفره را جمع میکرد، اتاقها را جارو میکرد. شهردار چهار یا پنج دستیار داشت که در این امور کمکش میکردند.
چون همه یکی بودیم درگیریها به حداقل رسیده بود. اما خیلی اوقات بعضی از علما گوشهگیری و اعتزال را پیش میگرفتند ولی سعی میکردند مدارا کنند و درگیری به وجود نیاورند، ولی غیر مذهبیها زیاد پایبند نبودند.
سال 53 که خط سازمان مجاهدین خلق کاملا افشا شد، با انشعابی که به وجود آمد عناصر بالای سازمان ادعا کردند ما از همان اول همین طور بودیم و از مذهب برای خودمان رنگی گرفتیم تا بتوانیم کار را پیش ببریم. با این تحلیل علمایی همچون آقای طالقانی، هاشمی رفسنجانی، ربانی شیرازی تصمیم گرفتند که جمع مذهبیها را از غیر مذهبیها جدا کنند، ابتدا مورد اعتراض باند رجوی قرار گرفتند. با تهمت، جسارت،
توهین و دادن لقب سازشکار به علما سعی کردند القا کنند که اینها بریدهاند و مرتجع و واپسگرا هستند. زیر بار این جدایی نرفتند ولی بعداً برخورد تندی پیشه کردند و همه چیز را جدا کردند.