حفاظت بیت امام به عهده سپاه سپرده شده بود که در راس آن جناب آقای محسن رضایی فرمانده کل سپاه قرار داشت که هر وقت برای ملاقات باامام به جماران می‌امد با ما خوش و بشی می‌کرد و خدا قوت جانانه‌ای می‌گفت و همیشه حامی و مشوق ما در این مساله بسیار مهم بودند. از آنجا که ایشان درگیر مسائل مهم امنیتی و به‌خصوص مساله اصلی کشور، یعنی جنگ بود و از طرفی مسئولیت نهایی حفاظت از امام متوجه او بود، فرزند امام این مسئولیت را شخصا عهده‌دار شده بود و با دقت بر انجام امور مربوط به آن نظارت می‌کرد. به تعبیر بهتر به منظور تسهیل انجام امور، امر حفاظت از امام عملا به عهده فرزند برومند ایشان، مرحوم حاج سید احمدآقای خمینی بود که ایشان هم برای این کار به جناب حجت‌الاسلام والمسلمین سید سراج‌الدین موسوی که مدتی مسئولیت فرماندهی کل کمیته‌های انقلاب کشور را به عهده داشتند،
حکم فرماندهی داده بودند.