جناب آقای مختار کلانتری که از فرماندهان ارشد کمیته انقلاب اسلامی بود، فردی بود تحصیل کرده و برادر شهید و از خانواده‌ای بسیار انقلابی، معاونت فرماندهی را برعهده داشت که تاآخر هم در این مسئولیت به خوبی انجام وظیفه می‌نمود. خداوند به دلیل تلاش‌هایی که وی در جهت خدمت به امام مبذول داشت، به ایشان جزای خیر عنایت فرماید.
بااینکه در این دوران بسیارحساس فرماندهان مافوق، درجه‌ای نداشتند ولی سلسله مراتب و تبعیت از فرماندهی کاملا در بین نیروها برقرار بود.