همان روزها بود که حاج سید احمد خمینی در کرمانشاه دستگیر شده و به زندان قزل قلعه در تهران انتقال داده شد. سپس ایشان را به بند ما آوردند. آقای منتظری، بی‌درنگ برای من پیغام فرستاد، که از قول من جهت راهنمایی به حاج آقا احمد بگو، که در بازجویی‌ها توجه و دقت داشته باشد. بی‌گمان حاج آقا احمد به این گونه مسائل وارد بود، اما برخی ظرافت کاری‌ها را آقای منتظری به وسیله من به ایشان گوشزد کرد.
در بازجویی‌ها از حاج آقا احمد، درباره پدر ایشان پرسش‌هایی شد مثلاً آقای خمینی با چه کسانی در ارتباط است؟ چه مواقعی افراد را دیده؟ و از این دست مسائل. در هنگام بازجویی‌ها، حاج آقا احمد در تمام موارد اظهار بی‌اطلاعی می‌کرد. ایشان بر این باور بود که حتی در جریان اتهام خودش هم نیست. فقط اتهامش این است، که پسر آیت الله خمینی است. آن‌گاه بازجو خنده‌اش گرفته و گفته بود: مگر جرمی از این بالاتر هم هست؟ چه گناهی سنگین‌تر از این‌که تو پسر خمینی هستی؟ در واقع حاج احمد آقا جرمی مرتکب نشده بود و موضوع مهمی در کار نبود. حاج سید احمد که به کمک آقای قائمی، به طور قاچاق به عراق رفته، از طریق کرمانشاه به ایران بازگشته بود.