سیزدهم مهر همین سال (1344) آیت‌الله خمینی به همراه فرزندشان، حاج آقا مصطفی از بورسای ترکیه به عراق تبعید شدند. این خبر هنگامی به ما رسید، که امام خمینی وارد کاظمین شده و در آن‌جا مستقر شده بودند. بیست و چهارم مهرماه، حاج آقا مصطفی خمینی، در نامه‌ای که برای حضرت آیت‌الله مرعشی نجفی نگاشته بود، گزارشی از اوضاع و چگونگیِ تبعید و انتقال آیت‌الله خمینی به نجف اشرف را توضیح داده، و در عین حال از ایشان خواست، تا این مسائل را برای مراجع دیگر بازگو کنند.
آیت‌الله خمینی پس از ساکن شدن در نجف اشرف، به مناسبت ماه مبارک رمضان، به طلاب حوزه علمیه نجف ـ چه ایرانی و چه غیر ایرانی ـ وجهی پرداخت کردند، که در واقع نخستین شهریه ایشان در حوزه نجف بود. در حوزه‌های علمیه ایران پس از این جریان، برنامه پرداخت شهریه از سوی مراجع تقلید وجود داشت. ناگفته نماند که پس از تبعید حضرت امام خمینی به ترکیه و عراق، طلاب از طریق نمایندگان ایشان شهریه می‌گرفتند. یعنی با وکالت‌نامه آقای خمینی به آقای پسندیده ـ برادر بزرگ امام ـ و آقای منتظری، آنان به امور مالی طلاب رسیدگی می‌کردند. آیت‌الله منتظری با وجوهاتی که به دست آقای پسندیده می‌رسید، ترتیبی داد که شهریه طلاب مرتب تامین
شود. هر از گاهی، حکومت دستی در پیش‌گیری از پرداخت شهریه از سوی امام داشته و به طلبه‌ها آزار می‌رساندند.
در جریانِ پرداخت شهریه، شخصی که پیش از آقای پسندیده متصدی این امور بود، دستگیر شد. با این حال پرداخت شهریه در قم همچنان استمرار داشت. اما در حوزه علمیه نجف، پس از ورود امام خمینی پرداخت شهریه به طلبه‌ها آغاز شد.
در پی خبر انتقال امام خمینی از ترکیه به عراق، در سی‌ام آبان، گروهی از طلاب حوزه علمیه قم، نامه‌ای مبنی بر تذکر درباره مسائل خلاف اسلام و بازگشت آیت‌الله خمینی به ایران، تنظیم و امضا کرده و برای امیرعباس هویدا ـ نخست وزیر وقت ـ ارسال کردند.اواخر سال، یعنی در اسفندماه 44، رژیم یک بار دیگر با اقدام خصمانه، دفتر شهریه آیت‌الله خمینی را تعطیل کرد. به این ترتیب با بسته شدن دفتر شهریه، پرونده سال 44 هم بسته شد. از آن پس آقای تهرانی دستگیر شد. بدین‌سان پایگاه مشخصی برای دریافت شهریه پرداختی از سوی امام وجود نداشت. فقط آقای پسندیده مسئول این امر بود، که باز بدون مکان مشخص، شهریه طلبه‌ها به شکل‌های گوناگون و با کمک آنان توزیع می‌شد. به دنبال تعطیلی روند شهریه، رساله‌های عملیه امام و نیز تصاویر ایشان از کتابفروشی‌ها و سایر مراکز جمع‌آوری شد. با این اقدام دولت، مبارزان جنجالی‌ترین نوروز را در سال 45 برای رژیم رقم زدند. زیرا تراکت‌های انقلابی در حد انبوه تولید گشته و در سطح کشور پخش شد.